國有企業(yè)產(chǎn)權(quán)改制基本完成以后，對大多數(shù)沒有證券資格的中小事務所來說，除了工商年檢和驗資業(yè)務以外，主要的業(yè)務就是各種專項審計業(yè)務。
專項審計是具有特殊目的、專門（單一）用途的審計。現(xiàn)行的審計準則是主要針對定期報表審計制定的。沒有專門的專項審計準則，因為專項審計是政府審計或企業(yè)內(nèi)部審計業(yè)務范疇。根據(jù)用途不同，專項審計的程序與方法等規(guī)定分布在各有關(guān)文件中。如國有企業(yè)清產(chǎn)核資審計業(yè)務，是根據(jù)2003年9月9日國資委第1號令《國有企業(yè)清產(chǎn)核資辦法》和《清產(chǎn)核資資金核實工作規(guī)定》等四個配套規(guī)定進行的。行政事業(yè)單位資產(chǎn)清查專項審計，是根據(jù)全國行政事業(yè)單位資產(chǎn)清查工作小組辦公室《關(guān)于印發(fā)中央級行政事業(yè)單位資產(chǎn)清查專項審計報告范本等事項的通知》進行的。常見的專項審計業(yè)務主要有：主輔分離、國企改制審計；企業(yè)擬合并、分離審計；經(jīng)濟責任審計，離任審計；破產(chǎn)審計（破產(chǎn)宣告前、清算審計）；以摸清家底為目的的財務狀況專項審計；基本建設工程財務決算審計。
工商年檢審計雖然具有專門的用途，按照中注協(xié)的規(guī)定屬于年度財務報表審計，不屬于專項審計，區(qū)別在于審計的側(cè)重點是注冊資本投入及使用情況，而不是企業(yè)的財務狀況和經(jīng)營情況。
專項審計與年度財務報表審計的區(qū)別主要在于審計目的、審計重點、重要性水平以及報告的格式不同。專項審計在審計方法、審計程序方面，與年度財務報表審計執(zhí)行相同的審計準則。專項審計的難點是對查出的問題如何處理以及如何出具恰當?shù)膶徲媹蟾妗，F(xiàn)就我自己的工作體會，就專項審計應的幾個問題與同仁一起商榷。
一、專項審計的重要性水平
專項審計的重要性水平不能套用年度財務報表審計的重要性水平。假如你的專項審計被認定審計失敗，你辯稱沒有超過年度財務報表審計通用的重要性水平是無效的。因為專項審計的重要性水平與年度財務報表的重要性水平是不同的，一般來說要比年報審計的重要性水平低一些。
一般情況下，專項審計的重要性水平是注冊會計師根據(jù)委托方的審計目標確定的。委托人要求的審計目標達到什么程度，就是應該設定的重要性水平。由于各種專項審計報告的審計目標不同，不可能設定一個適合于各種專項審計的重要性水平，比如企業(yè)改制審計，凡是影響凈資產(chǎn)的，只要證據(jù)確鑿，不論金額大小，都要調(diào)整。再如對納稅情況進行專項審計，只要證據(jù)確鑿，不論金額大小都是重要的，都要進行調(diào)整。
從廣義的角度來看，年度財務報表審計的重要性水平，也是根據(jù)委托方的審計目標確定的，比如上市公司年報審計的重要性水平，是根據(jù)財務報告使用者利用會計報表數(shù)據(jù)判斷企業(yè)經(jīng)營情況的審計目標確定的；國有企業(yè)年報審計的重要性水平，是根據(jù)國資委對會計報表的審計目標確定的。因此，專項審計的重要性水平的確定，與年度財務報表審計本質(zhì)上沒有區(qū)別。