一、預算測控法。是指從財政預算分配入手，通過詳查預算分配方案，測算評估各種專項資金支出比例、結構、用途是否合法合理的方法。運用此種方法，對本級政府安排的專款，可以查清是否按政策足額預算，是否按人大批準的預算安排資金，有無用于其他方面或沒有完成預算。對上級安排的專款，如支農扶貧資金等，可以查清配套資金是否到位。尤其是對社保基金審計較適用，如現行法規沒有明確規定各級財政社會保障預算安排的硬性比例，基層財政年初安排的指標弱化，執行預算時又存在隨意性。運用上述方法既節約審計成本，又能弄清以下問題：一是財政部門年初向人大上報的社會保障預算支出比例、結構是否合理，資金的分配是否按現行的原則。二是執行預算時有無混淆中央專項補助指標與本級預算安排指標的問題，有無將中央專項補助資金改變用途或平衡預算。三是財政決算時，有無截留社會保障支出指標，掛無項目、無部門的下年結轉科目問題，上報的決算報表是否帳表一致、真實可靠。
　　二、多重結合法。指專項審計與專項調查、財務收支、經濟責任審計或其他審計項目有機結合，便于從多角度、多層次發現、跟蹤線索查證事項的方法。一是與同級財政審計相結合。重點審計財政部門對上級撥入、本級政府年初預算安排的專項基金是否及時足額到位，是否撥入財政專戶進行管理并及時分配下撥，核查有無不按政策規定分配、超范圍撥付、滯留未撥、虛列支出、擠占挪用、截留轉移或用于平衡財政預算等問題。揭示缺乏專項資金預算的種種弊端和專項資金轉移支付行為中不合法、不合理、不公開、不規范的問題。二是與審計調查相結合。專項資金涉及部門多，覆蓋面廣，使用分散，要把一個縣的專款自上而下全部審計，客觀上沒有必要，也受審計資源限制。為了節約審計成本，對全縣所有專款實施審計調查，對縣級財政、主管部門管理的專款實施全面審計，對鄉鎮、建設單位管理的專款實施抽樣審計。這樣有利于擴大審計覆蓋面，提高審計質量與效益，既可把握資金管理質量和總量，又可掌握資金使用的實際情況，既可查出資金管理中存在的問題，又能考核資金使用的整體效益。三是與財務收支審計相結合。目前，有些單位的專款沒有建立專帳，而是與單位經費放在一起核算，只有將專項資金審計與財務收支審計有機結合，才能分清專款來源與經費來源、專項支出與經費支出，確認經費與專款是否存在打通使用的現象，確認經費是否擠占了專款。四是與經濟責任審計相結合。有利于加強對領導干部權力的制約和監督，增強其專款管理的責任意識。如將專項支出預算、社保費征收率、投入產出率、投資回收期等指標分別作為財政、地稅、其他部門、單位負責人任期考核指標之一，對擠占挪用專款用于消費的；監管不到位造成“豆腐渣”、“半拉子”工程的；投資產出率、投資回收期較大幅度低于正常水平的；以種種理由或“借口”不給職工投保或少投保的、有繳費能力又惡意欠費的單位負責人依法追究責任。