通常情況下，大部分試點的企業由營業稅納稅人轉變為增值稅納稅人基本上和現行的增值稅規定和相關的處理方法一致，其中最基本的特征是按照當期應稅服務銷售額（不含稅）和適用的增值稅率計算增值稅銷項稅額，在扣除當期購買的應稅產品和服務的進項稅額后，凈額為應向稅務機關申報和繳納的當期增值稅應納稅額。另外，對于那些達不到一般納稅人條件的小規模試點企業，增值稅的征收率為3%，不得抵扣進項稅額，其處理方法和現行增值稅制度下對小規模納稅人的處理方法一致。

    金融服務、不動產和建筑業、保險服務和郵電通信服務不包含在本次試點范圍內，將仍舊適用于繳納營業稅，但是，值得注意的是，未來金融保險業和生活性服務業將很可能適用增值稅的簡易計稅方法。

    這里值得注意的是，大部分試點企業都將受益于本次改革而不同程度的降低稅負。但對于交通運輸業來講，適用的增值稅率為11%，目前交通運輸業的營業稅率為3%，同時增值稅一般納稅人可以依照有關規定按7%的扣除率計算抵扣進項稅額，這樣來看，交通運輸業的實際稅負似乎上升了。增值稅一般納稅人接受試點納稅人中的小規模納稅人提供的交通運輸服務，可以按照7%的扣除率計算抵扣進項稅額，另外，試點納稅人中的一般納稅人提供的交通運輸服務（包括輪客渡、公交客運、軌道交通、出租車），可以選擇按照簡易計算方法計算繳納增值稅。

    應稅服務的認定

    由于本次試點的城市為上海，所以如何明確應稅服務的區域將成為本次稅改區分應稅服務繳納增值稅還是營業稅的一個重要問題。

    從上表我們可以看到，如果企業機構在上海從事上述所列試點服務的，則其“機構所在地”會被認定為上海，其提供的應稅服務將繳納增值稅，對于同一法人實體存在多個機構，其中的一些機構可能需要繳納增值稅（即機構所在地在上海），而另一些機構仍舊繳納營業稅（即機構所在地在中國大陸其他地區）。盡管如此，這些法規在確定勞務發生地的問題上還存在很多問題，特別在電子商務中顯得特別突出。