三、跟蹤問效法。查閱原己審計過的審計檔案資料以及“審計線索庫”，全面系統地掌握以前年度專項資金審計情況及其他審計項目已發現的審計線索，實施跟蹤審計的方法。運用這種方法好處有三：一是有的放矢的制定審計實施方案，正確確定審計目標、審計重點、審計難點，根據審計人員的特長合理分工，整合審計資源，提升審計質量。二是查看以前年度審計結論落實情況，查看存在問題的整改力度及審計所產生的經濟效益、社會效益，將未落實的結論予以落實，將未整改的問題督促整改，以維護審計執法的嚴肅性、權威性。實現“以審糾偏，以審促知，以審促法”的目標。三是根據已發現的審計線索制定單項審計方案，實施跟蹤審計，沿著可疑線索順藤摸瓜一查到底，弄清事實真相，依法嚴肅處理處罰。做到源于審計，高于審計，為規范專項資金、工程項目管理，拓寬其管理方法提出合理化建議。
　　四、內查外調法。是指通過內查會計、項目資料，尋找可疑線索，跟蹤外調查清事實真相的方法。針對專項資金涉及面廣、流通渠道長的現實，審計人員應緊緊圍繞“從制度上和管理上揭露分析問題，維護專項基金的安全完整，促進建立專項支出預算，完善專項資金管理制度”的審計目標。把追蹤資金使用效益和相關交易作為審計重點。從內查入手，測評內控制度的科學性、實用性，找準切入點；外調內控制度執行力度、資金使用情況，核實資金是否安全有效運行，重點弄清有無弄虛作假、虛報冒領的情況，如編造改田、退耕還林、植樹造林兌現花名冊，虛報面積，套取資金。內查專款支出情況，審查有無擠占挪用專款用于經費支出、購買小轎車、修建住宅樓等非生產性消費；外調開戶情況，核實主管單位有無多頭開戶現象，重點審查有無從銀行帳上套取現金，有無用大額現金支票撥款現象，有無從主管部門銀行帳轉入建設單位銀行帳，再利用虛假物資配套形式收回專款的情況。通過內查外調，單線取證，多方核實，揭示專項資金管理中存在的漏洞。
　　五、逐項核對法。是指對會計資料上反映的會計事項分類逐項核對的方法。專項資金包含扶貧資金（含以工代賑、水利專項等）移民資金、社保基金等。為了全面掌握資金運行的過程，實行源頭控制，全程監理，逐項核對很重要。一是核對專款是否按預算、按計劃、按程序、按進度及時足額撥付。審查有無超計劃、無計劃、串項撥款；有無超規定（移民資金可按規定列支管理費）、無規定（各級行政管理部門不準從水利基建資金中以任何形式提取管理費）列支管理費；有無打著確保工程物資質量的幌子，給項目單位配套物資；有無打著預留工程尾款的幌子，有意滯留專款。二是核對是否按規定渠道撥款，審查是否執行了直達撥款制，重點審查有無從財政部門撥入主管部門，再轉撥給鄉（鎮）政府，再轉撥給項目單位的現象，從而層層滯留專款，多渠道多環節流通，直接影響工程進度、質量的問題。三是核對專款支出確認的準確性，入帳的及時性，審查有無以撥列支、以領代支；有無弄虛作假，即通過開假發票多列支出套取資金，或虛掛往來移花接木轉移資的情況。四是核對專款主管部門對口支援收入來源，若來源于項目單位，則有可能是運用權力，通過虛報投資計劃、重報項目（原用其他資金已建成的項目）轉回的資金。