一、當前我國事業單位基建賬與經費賬兩套賬模式現狀
　　(一)原《準則》中關于資金管理的相關規定
　　我國現行的《事業單位會計準則(試行)》中規定，關于基建投資活動的會計處理不執行《事業單位會計制度》，而是按照《國有建設單位會計制度》進行會計核算。另一方面，要求經費賬中要設立自籌基建科目，用來核算事業單位在財政補助資金之外，由于建設工程的資金活動的相關核算，如此便形成了經費賬和基建賬兩套賬的核算模式。
　　(二)建立兩套賬核算所存在的幾點弊端
　　1、收入容易重復確認
　　我國對于各級財政資金存在著多種的撥付渠道，用于建設項目的資金可以直接撥入事業單位的基建賬戶，也可以通過單位的經費賬作為中轉，再劃撥入基建賬戶。不論哪一種方式，款項撥入時都記入其收入科目，這使得在年底決算確認收入時，經費賬中的撥入款項和基建賬中撥入的收入款項經常會重復計量，造成會計信息的失真。
　　2、資產不完整
　　建設工程從本質上說是單位占有和使用的經濟資源，也屬于單位的資產范圍。而按照原有的核算辦法，建設項目從立項到交付使用過程一般較長，期間所形成的資產難以準確歸集到固定資產中，在報表中無法完整地反映單位資產狀況，資產嚴重賬實不符。
　　3、會計信息不夠系統
　　現行準則的要求使得事業單位出現了兩個會計主體、兩套賬，同時還要做兩套會計報表，這就使得每一套會計報表都只能反映出事業單位所有的經濟活動中的一部分，這與會計中關于“財務報表要真實的完整的反映出單位的經濟活動”的要求相違背。另一方面，現行《準則》規定 “基建投資表”也應作為單位會計報表的一部分，而實際操作中則很難實現。
　　4、造成財務管理中的困難
　　事業單位開展建設項目過程中，財政資金撥付往往不夠及時，從而造成單位的資金短缺，單位在結算工程款時由于資金拮據往往采取向金融機構借款然后分期償還的形式，這就使得事業單位形成一部分債務核算管理，而兩套賬的核算形式往往會造成債務核算的混亂。
　　二、關于建設工程的會計處理方法——增設“在建工程”，實現基建賬與經費賬并軌
　　(一)基建支出的財務核算方法
　　1、在資產類科目中增設“在建工程”等科目
　　當事業單位的基建工程完工之后，之前計入“在建工程”科目的工程支出，需要由“在建工程”的貸方轉入“基建支出”科目的借方。與此同時，增記“固定資產”和“固定基金”科目。