（1）企業進行自我評價。企業在申請高新技術企業認定之前應認真閱讀相關文件和認定標準，客觀進行自我評價。認為符合認定條件的，則可在“高新技術企業認定管理工作網”上進行企業注冊登記。
（2）進行網上注冊登記。企業登錄“高新技術企業認定管理工作網”，填寫注冊登記表，將填好的注冊登記表發至認定機構。認定機構完成企業身份確認，并將用戶名和密碼通過網絡告知企業。
（3）企業提交認定申請。企業根據自己的用戶名和密碼進入網上認定管理系統，填寫“高新技術企業認定申請書”發至認定機構，并將規定的申請材料提交認定機構。
（4）認定機構組織認定。認定機構收到企業完整的申請材料后，組織專家審查，提出認定意見，確定認定企業名單。
（5）公示和頒發認定證書。經認定的高新技術企業，在“高新技術企業認定管理工作網”上公示15個工作日。公示有異議的，由認定機構對有關問題進行查實處理，屬實的應取消高新技術企業資格；公示無異議的，報領導小組辦公室備案，在“高新技術企業認定管理工作網”上公告認定結果，并由認定機構頒發“高新技術企業證書”（加蓋科技、財政、稅務部門公章）。